Für die Erhebung der Abwasserabgabe ist die Wasserbehörde zuständig, die auch für die Überwachung der jeweiligen Abwassereinleitung zuständig ist. Für kommunale Kläranlagen mit einer Ausbaugröße von mindestens 20.000 Einwohnerwerten (EW) und alle mit einer solchen Kläranlage in Verbindung stehenden Anlagen (z. B. Regenentlastungsanlagen) liegen in der Zuständigkeit der oberen Wasserbehörden (Regierungspräsidien). Für die kommunalen Kläranlagen mit weniger als 20.000 EW sind die unteren Wasserbehörden (Landkreise) zuständig.

Für die Abgabenerhebung für Einleitungen von gewerblichem / industriellem Abwasser sind die Regierungspräsidien zuständig mit Ausnahme der Einleitungen aus dem Anwendungsbereich der Anhänge 49 (Mineralölhaltiges Abwasser), 50 (Zahnbehandlung) und 52 (Chemischreinigung) der Abwasserverordnung. Für die Abgabenerhebung für diese Einleitungen sind die unteren Wasserbehörden zuständig.